Исторически территория епархии входила в состав Астраханской епархии (Астраханская и Ставропольская епархия (1723–1799 гг.); Астраханская и Моздокская епархия (1799–1803 гг.); Астраханская и Кавказская епархия (1803–1829 гг.)).

С 1829 по 1842 гг. она входила в состав Новочеркасской и Георгиевской епархии, а с 1842 по 1885 гг. – Кавказской епархии (Кавказская и Черноморская (1842–1867 гг.); Кавказская и Екатеринодарская (1867–1885 гг.)).

С 23 апреля 1885 г. происходит отделение Терской области от Ставропольской епархии и присоединение ее к Владикавказской епархии. В этот самый момент Владикавказская кафедра становится самостоятельной в составе Грузинского Экзархата. А с 10 сентября 1894 г. епархия была выделена из подчинения Грузинскому Экзархату. В 1922 г. епархия прекратила существование.

В 1945 г. территория епархии вошла в состав Ставропольской епархии (Ставропольская и Бакинская (1945–1994 гг.); Ставропольская и Владикавказская (1994–1998 гг. (до 2011 г. – территории Чеченской Республики и Республики Ингушетия))).

28 декабря 1998 г. территория Дагестана вошла в состав Бакинской и Прикаспийской епархии.

22 марта 2011 г. Дагестан, Чечня и Ингушетия вошли в состав восстановленной Владикавказской и Махачкалинской епархии.

26 декабря 2012 года решением Священного Синода была образована самостоятельная Махачкалинская епархия, выделенная из состава Владикавказской епархии, с центром в Махачкале и с включением в её состав приходов и монастырей в республиках: Дагестане, Ингушетии и Чечне. При этом епископом Махачкалинским и Грозненским избрали игумена Варлаама (Пономарёва), настоятеля Спасо-Преображенского монастыря г. Мурома Владимирской епархии. 27 января 2013 г. за Литургией в Храме Христа Спасителя в Москве была совершена хиротония архимандрита Варлаама во епископа Махачкалинского и Грозненского. 9 февраля епископ Варлаам, управляющий новообразованной Махачкалинской епархией, прибыл в столицу Дагестана. 4 декабря 2017 г. за Литургией в Храме Христа Спасителя в Москве епископ Махачкалинский и Грозненский Варлаам возведен Святейшим Патриархом Кириллом в сан архиепископа.