Станица Ассиновская основана в 1847 году на месте бывшего чеченского аула Эха-Борзе.

Храм построен одним из первых на территории Ставропольско-Бакинской епархии, построен усилиями казаков.

Летом 1992-го в период Первой Чеченской кампании в Никольском храме был совершён погром: около 30 налётчиков разбили утварь, расстреляли из автоматов иконы, а настоятеля иеромонаха Антония (Данилова) жестоко избили. В 2002 храм был сожжен.

В 2013 году здание церкви внешне полностью отреставрировали при поддержке республиканских властей, но внутри – белые стены, алтарной части нет. На престольный праздник в храм приезжает священнослужитель с другого прихода и совершает молебное пение.

Приход окормляется благочинным Грозненского церковного округа.